Il personaggio giocatore inizia a Pallet Town. Quando il personaggio giocatore cerca di lasciare la città senza un Pokémon di sua proprietà, viene fermato all'ultimo istante dal Professor Oak, che lo invita nel suo laboratorio. Lì, gli dà un Pokémon tutto suo e un Pokédex, raccontandogli del suo sogno di creare una guida completa su ogni Pokémon nel mondo. Dopo che il personaggio giocatore avrà affrontato il suo rivale e avrà lasciato il laboratorio, avrà il diritto di vincere ogni Medaglia della Palestra, partecipare alla Lega Pokémon e realizzare il sogno di Oak catturando ogni Pokémon.