Una banda di pirati, i Tinkerbats, guidata da Risky Boots, attacca Scuttle Town e ruba un prototipo di motore a vapore da Mimic, il cacciatore di tesori residente della città. Mimic dice a Shantae, la guardiana di Scuttle Town, che se Risky riuscirà a recuperare quattro pietre elementali magiche, lei potrebbe dare energia al motore a vapore e trasformarlo in un'arma inarrestabile. Shantae attraversa Sequin Land, determinata a recuperare il motore a vapore e le pietre elementali e fermare Risky. Con l'aiuto dei suoi amici Bolo e Sky e della sua conoscente Rottytops, ottiene accesso a tre dungeon dove recupera tre delle pietre. Al quarto dungeon, Shantae trova la quarta pietra, ma viene tesa un'imboscata all'uscita da Risky, che se ne va con le pietre. Shantae scopre poi la posizione del covo di Risky grazie a un telescopio volante magico chiamato Sky Scope, e si teleporta lì. Shantae raggiunge e distrugge l'arma di Risky, la Tinker Tank. Risky cerca di uccidere Shantae ma viene sconfitta; e mentre il covo di Risky crolla, Shantae riesce a fuggire. Dopo, viene magicamente rapita in un luogo chiamato Genie Realm dove i geni le offrono una possibilità di restare con loro come ricompensa per il suo coraggio, ma al prezzo di non rivedere mai più i suoi amici. Lei rifiuta e viene riportata a Scuttle Town dove annuncia a Mimic che aveva dovuto distruggere il motore a vapore, ma è sollevata nel sentire da lui che probabilmente è stato per il meglio.