Il giovane giocatore è accolto da Master Eon, l'ultimo protettore del regno, e lui spiega rapidamente che Skylands ha bisogno del loro aiuto. The Radiant Isles era la tranquilla casa dei Mystic Seekers, finché The Darkness arrivò e portò un invasore temibile dagli Outlands: Hektore. Usando il potere di The Darkness, Hektore schiavizzò i Seekers e li costrinse a costruire Dark Mirror, che Hektore usa per velare The Radiant Isles dal resto di Skylands per mantenere per sé il potere degli Seekers. Master Eon poi ha dato al nuovo Portal Master l'obiettivo principale: guidare gli Skylanders a distruggere Dark Mirror e liberare The Radiant Isles. Il giovane Portal Master viene quindi teletrasportato in una zona dove Fargus, il leader dei Mystic Seekers, e suo figlio Wendel, stavano aspettando l'arrivo del nuovo Portal Master, fuggiti da Hektore. Prima che Fargus possa iniziare a spiegare cosa fare, una risata malvagia riempì l'aria poiché Hektore aveva ritrovato Fargus e Wendel ed era in rotta verso la loro posizione. Nella sua fretta, Fargus affidò al nuovo Portal Master il compito di raccogliere Radiance Crystals, di ricostruire lo Shattering Sigil e di distruggere Dark Mirror prima di conferire a Wendel il titolo di Last Free Seeker. Non appena Hektore arrivò, Fargus si sacrificò per proteggere Wendel e il nuovo Portal Master dall'ira di Hektore, venendo ricatturato nel processo. Poco dopo, sia Wendel che il nuovo Portal Master si ritirano nel Sanctuary, l'unica area delle Radiant Isles dove Hektore non può raggiungerli.