Yoshi's New Island si svolge immediatamente dopo gli eventi di Super Mario World 2: Yoshi's Island, dove una cicogna consegna i gemelli Baby Mario e Baby Luigi a una coppia nel Regno dei Funghi ritenuta dai loro genitori. L'inizio di Yoshi's New Island rivela che la cicogna aveva consegnato i bambini alla coppia sbagliata. La cicogna riprende i bambini e parte per trovare i loro veri genitori, ma viene assalita da Kamek in volo. Kamek cattura la cicogna e Baby Luigi, ma Baby Mario cade e si riunisce al clan Yoshi sull'Egg Island, un'isola galleggiante conquistata da Baby Bowser. Baby Mario può percepire telepaticamente la posizione di Baby Luigi; il clan Yoshi accetta di accompagnare Baby Mario attraverso l'isola e salvare Baby Luigi. Una volta che Baby Mario e Yoshi raggiungono il castello di Baby Bowser, Baby Bowser si sveglia e salta su Kamek, che aveva tentato di farli uscire. Quando Baby Bowser prova a cavalcare Yoshi, Baby Bowser viene sconfitto. Kamek usa un Martello Magico Gigante per rendere Baby Bowser gigantesco. Dopo aver sconfitto Giant Baby Bowser, Yoshi procede a salvare la cicogna catturata e a salvare Baby Luigi, solo per incontrare Bowser adulto, apparso dopo essersi spostato attraverso lo spazio e il tempo. Dopo che Yoshi ha sconfitto Bowser adulto, Kamek ancora una volta usa un Martello Magico Gigante per rendere Bowser adulto gigantesco. Dopo aver sconfitto Bowser adulto, Yoshi torna ancora una volta dalla cicogna e da Baby Luigi, e la cicogna riporta Baby Mario e Luigi a casa loro. Il tubo di teletrasporto mobile, che ha aiutato Yoshi lungo il viaggio, viene visto alla fine e si rivela essere Mario adulto, che anche lui ha viaggiato indietro nel tempo e nello spazio per aiutare Yoshi a riuscire e ritorna alla propria linea temporale.