In questo platformer in 3D, l'orso eroe ma ingenuo Banjo fa affidamento sul suo amico uccello dal carattere pungente Kazooie per aiutarlo a salvare la sorella minore di Banjo da una strega vanitosa che ruba la bellezza. Al giocatore viene affidato l'incarico di esplorare la tana della strega e i nove grandi livelli al suo interno, alla ricerca di compiti e sfide da portare a termine. Lungo il percorso incontrano una varietà di personaggi che insegnano loro nuove mosse e li trasformano in diversi animali. Ispirato a Super Mario 64, Banjo-Kazooie si distingue per il suo senso dell'umorismo beffardo e sarcastico e per un ampio, vario e originale repertorio di mosse.