Anno 2016. L'umanità è stata ridotta a pochi sopravvissuti abitanti della stazione orbitale Omega. Nel corso della storia, gli alieni hanno visitato la Terra ogni venticinque anni, 'raccolgendo' gli esseri umani come materiale organico. Alla fine, lanciano un assalto agli ultimi resti della razza umana. Ma Adam Drake, un soldato geneticamente modificato, entra in possesso di un dispositivo di viaggio nel tempo. Lo usa per viaggiare nei periodi della storia umana in cui gli alieni hanno compiuto i loro attacchi mortali. Il destino dell'umanità è nelle sue mani. Body Harvest è un gioco d'azione e di guida con una struttura basata sulle missioni. Il protagonista viaggia in varie località ed epoche (ad es. la Grecia durante la Seconda Guerra Mondiale, la Siberia negli anni '90, ecc.) con l'obiettivo di fermare le invasioni aliene. Le missioni possono essere raggiunte viaggiando verso aree specifiche della mappa. Adam può muoversi a piedi e usare le sue armi per uccidere gli alieni; tuttavia, i veicoli di solito si rivelano un modo più affidabile per affrontare la maggior parte delle missioni. Adam può usare la maggior parte delle sue armi anche quando è a bordo di un veicolo; inoltre, alcuni veicoli sono equipaggiati con armi proprie.