Jim Phelps si trova in un parco fuori dalla CIA, per ricevere un messaggio su un piano terroristico in Norvegia che prevede di inviare missili a un paese rivale. Phelps invia gli agenti IMF Ethan Hunt, John Clutter e Andrew Dowey per fermare i piani dei terroristi infiltrandosi nel cantiere di sottomarini dove i missili sono conservati, per poi distruggere il sottomarino che li contiene. Mentre ciò accade, Alexander Golystine, un dipendente dell'Ambasciata russa a Praga, rapisce l'agente femminile dell'IMF Candice Parker e ruba una metà della lista di copertura non ufficiale (NOC), una lista che fornisce i nomi reali e falsi di tutti gli agenti dell'IMF. Sebbene da sola sia inutile, l'Ambasciata possiede un potente supercomputer che potrebbe essere in grado di decifrare il codice per aprire il documento, e dopo che l'agente dell'IMF Robert Barnes scompare dopo un tentativo di salvataggio, Phelps invia Hunt per trovare e salvare la lista, salvare Candice Parker e scoprire il destino di Barnes.