La storia segue le lotte di Goemon per impedire che la gang Peach Mountain Shoguns trasformi il Giappone in un teatro di belle arti occidentalizzato. La trama prevede tre elementi musicali di tipo cinematografico e battaglie tra robot giganti; come negli altri giochi di Ganbare Goemon, è costellata di umorismo surrealista e di anacronismi. Il protagonista di Mystical Ninja è Goemon, un ninja dal cuore caldo, che brandisce un kiseru e ha capelli azzurri e folti, basato liberamente sul leggendario ladro Ishikawa Goemon. Il signore di Oedo gli chiede di trovare coloro che hanno ferito gravemente il Castello di Oedo. Goemon vive a Oedo Town ed è amico di Ebisumaru, un uomo grasso, strano e goloso che indossa una bandana blu. Ebisumaru è definito come pigro e pervertito. Il loro amico Sasuke, che lancia kunai, è un ninja meccanico (creato dal Saggio di Iga) che ama bagni caldi e tè giapponese. A completare i protagonisti è Yae, una kunoichi feroce che brandisce una spada, che si imbatte nella banda di Goemon a Zazen Town. I cattivi del gioco provengono dall'organizzazione Peach Mountain Shoguns e includono una banda di quattro 'strani' guidati da Spring Breeze Dancin' (Danshin Harukaze) e Kitty Lily (Margaret Ranko). Intendono trasformare il Giappone in un palcoscenico per i loro talenti.