Nella Stadium Mode del gioco, un giocatore gareggia in 80 battaglie diverse, suddivise in quattro tornei. Sconfiggendo la Stadium Mode, otterrai una battaglia bonus contro il guerriero Pokémon definitivo, Mewtwo, nonché una modalità segreta che ti offre 80 battaglie nuove di zecca e diabolicamente difficili. Non c'è praticamente alcun modo per battere la modalità segreta senza aver allenato i tuoi Pokémon d'élite. Da uno a quattro giocatori competono tra loro o contro il computer in una battaglia senza restrizioni con regole personalizzabili. Puoi selezionare Pokémon in affitto per queste battaglie — ma ciò le rende troppo prevedibili poiché la scelta delle tecniche non è determinata dall'allenatore. Puoi anche selezionare battaglie rapide e facili contro avversari, nonché battaglie casuali.