Anche Pokémon Stadium 2 ha una storia, ma il progresso nel gioco può essere fatto vincendo le Coppe nello Stadium e completando il Gym Leader Castle. Quando tutte le Coppe sono state vinte e il Gym Leader Castle è stato completato, apparirà il Rival del giocatore. Sconfiggere il Rival sbloccherà Round 2, nel quale il giocatore deve affrontare di nuovo lo Stadium, il Gym Leader Castle e il Rival per completare il gioco. Ma hanno Pokémon diversi e la difficoltà è molto più alta. Stadium: Il giocatore inizia scegliendo 6 Pokémon differenti. Ci sono 250 Pokémon diversi tra cui scegliere, tra cui alcuni Pokémon leggendari. I tornei Pokémon si svolgono nello Stadium. Ci sono quattro Coppe a cui partecipare. Ogni turno è costituito da otto scontri, e ogni Coppa, ad eccezione della Little Cup e della Prime Cup, è composta da quattro turni, chiamati Poké Balls, che devono essere superati per vincere quella Coppa.