Come nell'originale Age of Mythology, ci sono tre civiltà disponibili – Greci, Egizi e Norreni – ognuna con le proprie unità, edifici, poteri e un metodo per ottenere favore. Ciascuna ha tre "dei maggiori" da scegliere prima di ogni partita – Zeus, Hades e Poseidon per i Greci; Ra, Isis e Set per gli Egizi, e Odin, Thor e Loki per i Norreni. Inoltre, ciascuna ha "dei minori" da selezionare ogni volta che il giocatore avanza un'era, con tutte le divinità che concedono al giocatore tecnologie, vantaggi, unità mitiche e poteri degli Dei che vengono usati per danneggiare o favorire i giocatori. Ci sono tre tipi di unità di base – umani, eroi e unità mitiche, i due ultimi essendo figure o creature mitiche della mitologia e delle leggende della civiltà storica. Un modello sasso-carta-forbice determina quali unità sono più adatte contro altre; ad esempio, gli umani sono forti contro gli eroi ma deboli contro le unità mitiche. Ogni unità ha anche una sotto-categoria come fanteria pesante o arcieri, ancora una volta con ciascuna migliore contro determinate altre. Le unità umane includono hopliti o arcieri su carro, gli eroi includono Odysseus e Ramesses, e le unità mitiche includono Ciclopi e giganti. La Campagna è divisa in 8 scenari per tutte e tre le civiltà, inseriti in campagne separate; la prima, quella egizia, si concentra su Hatshepsut e suo padre Thutmose nel sconfiggere Setekh, figlio di Set, dopo aver indagato su incursioni di predoni nei pressi di Memfis.