La storia di Disgaea inizia con Laharl che emerge da una bara aperta nella sua stanza. Etna, una delle vassalle del castello, è accanto a lui, circondata da varie armi. Lei spiega che è stato dormiente per due anni, molto più a lungo di quanto avesse previsto, e che suo padre, Re Krichevskoy, è morto. Laharl giura di reclamare il trono e, dopo essersi consultato con Etna e gli altri suoi vassalli, va al castello di Vyers.
Dopo aver sconfitto il demone Vyers, che si riferisce a se stesso come il "Dark Adonis" e viene rinominato "Mid-Boss" da Laharl, egli incontra Angel Trainee Flonne. Flonne era stata inviata nell'Oltretomba da Seraph Lamington, il sovrano di Celestia, per assassinare Re Krichevskoy (che era già morto). Sconvolta dall'assenza di lutto da parte di Laharl per la morte di suo padre, Flonne, eternamente ottimista, si unisce al gruppo di Laharl per determinare se i demoni siano capaci di provare amore. Osservandoli di nascosto, l'arcangelo paranoico Vulcanus interpreta le azioni di Flonne come tradimento ed è convinto che lei stia tramando contro di lui.
Dopo che Etna pretende che Laharl paghi lo stipendio dei Prinnies che lei ha assunto, decide di attaccare il demone più ricco nei dintorni. Questo è Hoggmeiser al Dinero Palace. Dopo aver sconfitto Hoggmeiser, Laharl è sul punto di ucciderlo, finché il figlio di Hoggmeiser non accorre e gli mette i bastoni tra le ruote. Flonne convince Laharl a risparmiarlo, e Laharl lascia che tengano una parte del denaro. In risposta a questo gesto, Hoggmeiser si unisce al gruppo.
A un certo punto, Flonne ed Etna scoprono una fotografia di Laharl in una situazione imbarazzante. Laharl la definisce uno "scatto da paparazzi", tuttavia i contenuti effettivi della foto non vengono mai rivelati. Una minaccia sul retro della fotografia afferma che copie della foto verrebbero diffuse se Laharl non accettava una sfida per combattere per il dominio supremo; così Laharl fu ricattato.
Rispondendo a questa sfida, Laharl incontra Maderas, un vampiro. Fu bandito dal Re Krichevskoy per aver rubato lo snack preferito del Re, i pretzel neri. Maderas approfitta delle due grandi debolezze di Laharl: l'ottimismo e le donne con corpi sexy. Maderas controllava anche Etna trattenendole i ricordi. Le aveva ordinato di uccidere il principe, ma lei aveva invece fatto addormentare lui per due anni. Etna alla fine tradisce Maderas e, insieme a Laharl, Flonne e Mid-Boss, lo sconfigge.
Svegliandosi più tardi di notte, Flonne scopre che diversi Prinnies stanno cantando e lasciando il castello. Laharl, preoccupato che la sua reputazione venga macchiata se si scopre che ha fatto fuggire i suoi vassalli, li insegue la mattina seguente. Alla fine incontra Death, e il giocatore apprende che Big Sis Prinny è in realtà la madre di Laharl; è diventata una Prinny perché ha dato la sua vita per salvarlo.