Il gioco inizia con una sequenza surrealistica, in cui una parte sconosciuta chiede al giocatore «Cosa ricordi di quel giorno?» Il giocatore dispone di diverse scelte di dialogo che costruiscono una descrizione coerente di «quel giorno», anche se al momento il giocatore non è consapevole dell'importanza dell'evento (o perfino che sia avvenuto). Prima che il gioco inizi davvero, al giocatore viene chiesto di disegnare un'immagine che rappresenti questa scena misteriosa, introducendolo nella funzionalità centrale del gioco chiamata 'draw'. Segue una sequenza di animazione in cui uno dei personaggi del gioco precedente, Heather, si riprende da un incubo. Le viene mostrato che possiede un pendente di gemma rossa. Nella stessa sequenza, Heather viene rapita da un'oscurità che emanava da uno scettro scoperto da lei in un forziere da tesoro arenato sulla spiaggia nel cuore della notte. La mattina seguente, quando gli altri personaggi si accorgono che manca, una ricerca per lei viene bruscamente interrotta da Wilfre, che provoca la sparizione della maggior parte degli abitanti del villaggio Raposa, si rivela essere il rapitore di Heather e, infine, prosciuga il Villaggio del colore. I restanti membri del Villaggio fuggono sulla schiena di una gigantesca tartaruga fornita, su richiesta, dal Creator. Con le loro forze drasticamente ridotte e la loro casa in rovina, il gioco segue la lotta della Raposa per riunirsi ai propri compagni e, con l'aiuto dell'Eroe della Creazione del Creator, sconfiggere Wilfre prima che possa realizzare i suoi obiettivi ancora sconosciuti. I restanti membri del Villaggio si recano a Watersong, Lavasteam, la Galactic Jungle e Wilfre's Wasteland, una combinazione di tutti e tre i villaggi. A Watersong, Mari e Jowee incontrano Sock, che è un personaggio importante in seguito nella storia.