Quando una ragazza del villaggio si ammala dopo una festa di compleanno, l'Eroe deve andare in città a procurarsi una medicina. E poi, evento dopo evento, inizia una missione che rivelerà la storia di questo villaggio nella foresta, dei suoi abitanti, del mondo che li circonda. All'inizio del gioco, il giocatore deve creare l'Eroe, scegliendo un personaggio di sesso maschile o femminile tra una delle quattro razze dell'universo Crystal Chronicles: i rapidi Selkies, in grado di compiere un salto doppio e abili arcieri; i sapienti Yukes e la loro maggiore potenza magica; i forti Lilties per i combattimenti corpo a corpo; e gli abili Clavats, che sanno fare un po' di tutto. Il gioco stesso consiste nell'avventurarsi attraverso labirinti, combattere vari nemici e boss usando attacchi corpo a corpo o a distanza e vari incantesimi, e risolvere enigmi. Facendo così, il giocatore può assumere fino a tre guardie del corpo personalizzabili per accompagnare il personaggio principale. È possibile prendere il controllo di uno di questi personaggi in qualsiasi momento del gioco. Si possono creare ulteriori guardie del corpo e possono entrare ed uscire dal gruppo. Nella città principale c'è anche una Quest Shoppe dove solo un personaggio può entrare e svolgere vari compiti per guadagnare denaro e materiali rari per creare un nuovo equipaggiamento.