Un anno dopo gli eventi di FINAL FANTASY XII, il giovane protagonista Vaan viaggia per i cieli di Ivalice al fianco della sua fidata navigatrice Penelo. Le loro avventure alla ricerca di tesori li conducono al continente celeste di LemurÃs, dove incontrano Llyud, un membro della razza aegyl. Questi misteriosi popoli alati hanno vissuto sul continente fluttuante per secoli, ma un turbamento ha permesso ai pirati del cielo in cerca di tesori di oltrepassare il loro territorio un tempo nascosto. Incombe a Vaan e alla sua banda di giovani pirati del cielo di opporsi agli intrusi e di difendere questo straordinario mondo e la sua gente.