Ambientata nel 2089, la storia di Front Mission 2089 si svolge sull'Huffman Island un anno prima del 2nd Huffman Conflict. Una serie di scaramucce lungo Huffman Island nel 2086 provoca caos sull'isola. Le forze di mantenimento della pace dell'O.C.U. e dell'U.S.N. intervengono sui rispettivi lati dell'isola per sedare la violenza. Questo conflitto, noto come "Huffman Crisis", ha aumentato le tensioni tra le due unioni sovranazionali. Entro il 2089, entrambi i superstati aumentano la loro presenza militare sull'isola e iniziano a reclutare mercenari provenienti da tutto il mondo. Questi mercenari vengono poi inviati in operazioni di spionaggio e ricognizione intorno al Mail River - la frontiera che divide i territori di O.C.U. e U.S.N. sull'Huffman Island.