La storia di Unleashed, ambientata vent’anni dopo Godzilla: Save the Earth, inizia con una pioggia di meteoriti sulla Terra, che provoca cambiamenti climatici e terremoti. Contemporaneamente, i mostri della Terra iniziano ad attaccare le città di tutto il mondo a causa dei cristalli che crescono sul terreno. Fazioni si formano tra i membri della Terra nonché tra i mostri che li attaccano, totalizzando quattro fazioni di mostri. Le scelte all’interno della storia influenzano gli eventi successivi, inclusi i rapporti tra le fazioni terrestri e quelle dei mostri. I Vortaak, di ritorno dai giochi precedenti, decidono di invadere e usare i cristalli per impossessarsi della Terra, ma la loro astronave madre viene sbattuta nella baia di San Francisco. Si rivela nel finale che la fonte dei cristalli proviene da SpaceGodzilla, che cerca di sfuggire alla dimensione alternativa in cui era stato rinchiuso alla fine di Godzilla: Save the Earth. Ci sono quattro (cinque in alternativa) finali basati sulle fazioni; se si vince come Alien, Vorticia ride in modo maniacale per la vittoria. Se si vince come Mutant, i cristalli si diffondono a ritmo canceroso, proliferando fuori controllo. Se SpaceGodzilla vince, inizia il finale Mutant, dopodiché SpaceGodzilla viene visto emettere un ruggito di vittoria. Se il GDF o Earth Defenders vincono, al mostro del giocatore viene espresso un ringraziamento per il suo coraggio mentre il mondo torna alla normalità. Se Earth Defenders, GDF o Alien acquisiscono tutti gli impulsi di potere, Miku ha detto che il mostro è diventato corrotto e che era l’unica speranza. Contrariamente a quanto si crede, non ci sono ancora finali alternativi in cui un Alien o Mutant si ravvedono e salvano la Terra (in sostanza voci false).