La trama di Harvest Moon DS Cute è diversa da quella di Harvest Moon DS. In questa versione del gioco, la madre del giocatore invia un desiderio alla Harvest Goddess affinché tu possa diventare un agricoltore di successo. La Harvest Goddess alla fine determina che il giocatore non ha una buona etica del lavoro, e dice al Harvest King ciò che pensa. Il Harvest King, arrabbiato, dice alla Harvest Goddess che non sta facendo abbastanza sforzi, e che, con l'età, sta trascurando i suoi doveri. La Harvest Goddess poi chiama il Harvest King "un grande pelato", e viene trasformata in pietra. Gli Harvest Sprites difendono la Harvest Goddess, il che fa arrabbiare ancora di più il Harvest King, e lui manda gli Harvest Sprites e la Harvest Goddess in un altro mondo come punizione. Poi scrive una lettera al giocatore dicendole che se lavora sodo, restituirà gli Harvest Sprites e la Harvest Goddess.