Il gioco racconta la storia di Roxas prima degli eventi di Kingdom Hearts II. Nel giorno della sua nascita come Nessuno di Sora, quando Sora si trasforma in un Cuore Oscuro nell'originale Kingdom Hearts, Roxas viene trovato da Xemnas a Twilight Town, il leader dell'Organizzazione XIII, che lo nomina suo tredicesimo membro. Ogni giorno gli vengono assegnate missioni in altri mondi, da solo o accompagnato dai suoi compagni dell'Organizzazione XIII, per distruggere i Cuori Oscuri con la Keyblade e liberare i cuori in cattività, con cui l'Organizzazione può realizzare il loro obiettivo di evocare Kingdom Hearts e diventare esseri completi. Roxas è affidato alle cure di Axel, con cui stringe un'amicizia e trascorre il tempo libero a fine giornata, seduto sulla torre dell'orologio di Twilight Town, dicendo ciò che hanno in mente e mangiando insieme il gelato al sale marino. Poco dopo l'induzione di Roxas, l'Organizzazione si riunisce nella Round Room per assistere all'arrivo di un misterioso quattordicesimo membro, Xion. Il suo aspetto cambia da persona a persona, a seconda della loro relazione con lei. Più avanti, quando Axel e diversi altri membri sono assegnati a Castle Oblivion (che mette le basi per Kingdom Hearts: Chain of Memories), Roxas è abbinato a Xion.