Kingdom Hearts Re:coded segue la storia di Donald Duck, Goofy, Jiminy Cricket e King Mickey nel Disney Castle dopo gli eventi di Kingdom Hearts II. Jiminy Cricket stava tentando di mettere ordine in quello che è noto come Jiminy's Journal, dopo aver completato la sua avventura con Sora, quando notò una riga che diceva "Grazie Naminé". Guardando più avanti, scopre un messaggio nel diario che non aveva scritto lì e che afferma "Il loro dolore sarà rimesso a posto quando tornerai per porre fine a ciò." King Mickey digitalizza il diario e lo porta nel mondo simulato nella speranza di scoprire di più. Egli risveglia Data-Sora sulla Destiny Islands digitale e gli chiede di mettere in scena nuovamente i contenuti del diario nel tentativo di scoprire l'identità di coloro che stanno soffrendo.