Lux-Pain è ambientato nella storica Kisaragi City, una città afflitta da misteri, dai piccoli inconvenienti agli omicidi - senza alcuna spiegazione logica del motivo per cui tali eventi si verifichino. Sembra che "Silent", un verme nato dall'odio e dalla tristezza, abbia infettato gli umani e li costringa a commettere crimini atroci. I genitori di Atsuki sono vittime di tali crimini. Per vendicare i suoi genitori, Atsuki si sottopone a un'operazione rischiosa per acquisire Lux-Pain nel braccio sinistro, un potere così potente da rendere dorato il suo occhio destro quando lo usa per cercare e distruggere Silent una volta per tutte.