Il Peregrine Falcon Strike Force, gli Ikari Warriors e gli SPARROWS sono ancora una volta sulle tracce di General Morden e del suo esercito. La loro missione è catturare General Morden e impedire i suoi tentativi di un altro colpo di stato al governo. Tuttavia, non appena Morden fu sconfitto, un strano esercito proveniente dal futuro accorse al suo aiuto. Ora devono affrontare di nuovo Morden e questa volta mettere fine ai suoi piani una volta per tutte.