Moero! Nekketsu Rhythm Damashii segue più o meno la storia dell'originale Osu! Tatakae! Ouendan ed è ambientato circa sei anni dopo il gioco originale, secondo il manuale del gioco e le differenze d'età dei personaggi che fanno ritorno. I giocatori interpretano il ruolo del leader di una squadra di cheerleading composta da tre persone. Ogni volta che qualcuno è stressato o si trova in difficoltà, tutto ciò che serve è gridare "Ouendan!" (giapponese per "Squadra di incoraggiamento"). Allora, gli Ouendan appaiono (di solito provenienti da un luogo come un armadio o rimangono lì mentre mangiano ramen) e usano incitamento e danza per aiutare quella persona a superare i suoi guai. La mappa del territorio che gli Ouendan presidiano all'interno di Moero! Nekketsu Rhythm Damashii è la stessa di quella presente nel gioco originale, anche se è stata ruotata di novanta gradi ed è ora resa usando grafica 3D. Gli Ouendan originali (indossano ancora le loro lunghe giacche Gakuran) sono presenti anche in questo gioco, a incoraggiare la gente. Tuttavia compaiono nuovi Ouendan rivali che sfidano gli Ouendan originali nelle abilità e nell'incoraggiamento (i "nuovi" Ouendan sono contrassegnati dai loro abiti blu in stile militare). Le storie individuali sono tutte scollegate tra loro, ma i personaggi presenti in una scena possono apparire come personaggi di sfondo o di supporto in un'altra. Si possono anche vedere personaggi dal primo Ouendan come protagonisti, personaggi di supporto o di sfondo, come ad esempio il vasellaro del primo gioco che appare come ospite alle terme e regala alla famiglia delle terme nuove opere di ceramica se il giocatore ottiene successo in quel livello. Nell'ultima fase, tutti i personaggi del gioco si uniscono quando i due Ouendan si uniscono di nuovo e guidano di nuovo l'intero mondo in un urlo di incoraggiamento per salvare la Terra quando l'attività del sole cessa, trascinando la Terra in un'altra era glaciale.