Il gioco si apri con SpongeBob che scopre che Plankton sta prendendo il controllo di Bikini Bottom con gigantesche macchine a vuoto. Goddard esce da un portale dietro la casa di SpongeBob e gli mostra un messaggio proveniente da Jimmy Neutron. Seguendo Goddard attraverso il portale, incontra Jimmy Neutron, Timmy Turner e Danny Phantom nel laboratorio di Jimmy. Jimmy ricopre SpongeBob con umidità auto-rigenerante per mantenerlo idratato. Jimmy spiega che la sua ultima invenzione, la Universe Portal Machine, è stata copiata dal Professor Calamitous, che ha formato una Syndicate con Plankton, Vlad Plasmius e Denzel Crocker, e che stanno già sottraendo energia dai loro mondi. Gli eroi cercano di teletrasportarsi a Casper High, ma arrivano nel castello di Vlad, dove egli rivela che il suo portale dei fantasmi sta sottraendo energia dalla Ghost Zone e ha catturato i genitori di Danny. Vlad mette fuori gioco il gruppo e li imprigiona nella Ghost Zone Prison. Diventando amici del Box Ghost, gli eroi fuggono dopo aver sconfitto Walker. Danny guida gli eroi al portale fantasma di Fenton Works e incontrano Sam Manson e Tucker Foley. Tornati al castello, il gruppo distrugge i generatori del portale. Danny possiede suo padre e usa i suoi Ghost Gauntlets per picchiar Vlad, ma finisce per scappare. Poi gli eroi si dirigono verso Bikini Bottom, usando la gomma d'aria di Jimmy per respirare sott'acqua. Sandy Cheeks li invia a Jellyfish Fields per incontrare Patrick Star, ma viene risucchiata in un raccoglitore di meduse. Dopo aver distrutto i raccoglitori, il gruppo si ritrova sulla nave del Flying Dutchman. Danny lo convince a lasciarli andare in cambio di riportare indietro i suoi vecchi compagni di equipaggio. Arrivati al Chum Bucket, liberano Patrick e le meduse. Sul tetto, combattono contro Plankton, che pilota una gigantesca chela robotica, per salvare Mr. Krabs, e scoprono che i cattivi hanno estratto energia per alimentare una Doomsday Machine. A Dimmsdale, gli eroi si infiltrano e tagliano l'alimentazione alla fortezza dorata di Crocker. Poi si dirigono in Fairy World, dove incontrano Jorgen von Strangle, liberano le fate e sconfiggono Crocker, che pilota un exosuit presso The Big Wand. Il gruppo torna poi nel laboratorio di Jimmy e incontra Cindy Vortex. Jimmy realizza quindi che Calamitous ha piazzato un flea-bot in Goddard per spiarlo. Gli eroi usano il raggio di restringimento di Jimmy per rimpicciolirsi, entrare in Goddard, sconfiggere il flea-bot e hackerarlo per localizzare la tana di Calamitous. Gli eroi sconfiggono il Syndicate, e SpongeBob stacca la Doomsday Machine. Con Calamitous in prigione, Jimmy dona agli eroi ognuno un Neutronic Recaller in caso di un futuro incidente, e si separano.