Un gruppo eterogeneo di ninja dal carattere giocoso popola il vibrante e pacifico luogo noto come Ninjatown. Tuttavia, dopo l'eruzione di un vulcano nelle vicinanze, Ninjatown è attaccata da orde di nemici sinistri guidati da Mr. Demon, che, per motivi ignoti, è determinato a distruggerlo. È giunto il momento di usare ognuna delle abilità e dei poteri unici dei ninja - tra cui Mighty Wind of Ninja Dropping e Stealth Hugs - per respingere il male e mettere al sicuro Ninjatown, un distretto alla volta. Il gioco si gioca dall'alto verso il basso, dove il giocatore usa lo stilo per posizionare strategicamente i ninja per difendere ogni area.