Il primo caso del gioco vede l'avvocato difensore Phoenix Wright al suo primo processo sotto l'occhio vigile di Mia Fey, riuscendo a difendere con successo il suo amico d'infanzia Larry Butz dall'accusa di omicidio. Tuttavia, nel secondo caso del gioco, Mia viene uccisa per essere a conoscenza di un ricatto aziendale, e sua sorella minore Maya Fey viene accusata del crimine perché il suo nome è stato trovato su un pezzo di prova. Mentre la difende, Phoenix si ritrova di nuovo di fronte a un'altra amica d'infanzia, Miles Edgeworth, che è il procuratore del caso di Maya e si è affermato come un 'genio' della pubblica accusa. Maya viene dichiarata non colpevole del crimine e diventa l'assistente di Phoenix in ulteriori casi, offrendo la sua capacità di canalizzare come un 'Spirit Medium' del villaggio Kurain per richiamare lo spirito di Mia per aiutare in momenti cruciali. Phoenix e Edgeworth scoprono che, sebbene abbiano l'amicizia della loro giovinezza, continuano a fronteggiarsi in aula. Nel terzo caso, Phoenix e Maya investigano sull'omicidio di un famoso attore. Nel quarto caso, Edgeworth è accusato di omicidio, e Phoenix si fa avanti per difenderlo. Si scopre che Edgeworth è stato incastrato dal suo vecchio mentore, Manfred von Karma. Diversi anni prima, Manfred sparò e uccise il padre di Edgeworth, un avvocato difensore, dopo aver rovinato il record impeccabile di Manfred, ma fece credere a Edgeworth di aver sparato al proprio padre. Phoenix è in grado di smascherare la copertura di Manfred e ottenere un verdetto di 'non colpevole' per Edgeworth. Dopo il caso, Edgeworth considera di prendersi una pausa dal suo incarico per riflettere sugli eventi, mentre Maya annuncia di tornare a casa nel Kurain Village per allenarsi. Il quinto caso, aggiunto alle versioni Nintendo DS, iOS e Wii, vede Ema Skye supplicare Wright di aiutarla a difendere sua sorella maggiore Lana, che è sotto processo per omicidio, complicato da un secondo omicidio della stessa vittima apparentemente in un edificio diverso nello stesso periodo. Usando l'aiuto scientifico di Ema per stabilire prove e l'inatteso aiuto della pubblica accusa di Edgeworth durante il processo, Phoenix è in grado di scoprire che Lana Skye fu ricattata dal Capo della Polizia Damon Gant affinché coprisse un omicidio che lei pensava Ema avesse commesso diversi anni prima. Il stesso Gant viene rivelato come autore dell'omicidio e ha fatto ricadere la colpa su Ema. Anche se Lana è scagionata dalle accuse di omicidio, accetta di andare in prigione per essere una complice; Ema dice addio mentre parte per l'Europa per studiare scienze forensi.