A seguito degli eventi di Prince of Persia e Prince of Persia Epilogue, la storia inizia con la separazione del Principe e di Elika. Mentre Elika resta con l'Ahura, guidando la resistenza contro Ahriman, il Principe parte alla ricerca del re di The City of New Dawn, nella speranza di poter evocare Ormazd, a causa della sua affinità con i resti del potere di Ormazd. Ma qui, il Principe trova un nuovo alleato, Zal, che si presenta come uno dei Magi del re e si allea con il Principe per salvare The City of New Dawn dalla corruzione e, in ultima analisi, fermare Ahriman. Più avanti, Zal rivela che il Re è stato diviso in due dalla Corruption: in una bestia corrotta e in se stesso. The Ancestor, un personaggio che di tanto in tanto aveva aiutato il Principe e Zal, li guida a trovare un potere speciale per salvare la città. Questo potere fonde poi il Principe e Zal in un essere unico che conserva sia i poteri di Zal sia le acrobazie del Principe. Insieme affrontano e sconfiggono la metà mostruosa del re. La sconfitta della bestia libera Zal dalla Corruption, ma lo porta anche alla morte. Il Principe poi libera la terra dalla Corruption, raggiungendo il sigillo della città. Alla fine, The Ancestor lascia un messaggio di speranza per il Principe, promettendo che, col tempo, verrà rivelato un potere interiore e verrà trovato un nuovo alleato.