Quando Layton e Luke sono invitati a assistere a una dimostrazione di una macchina del tempo costruita dal dottor Alain Stahngun, l'esperimento va storto e provoca la scomparsa di Stahngun e del primo ministro Bill Hawks. Una settimana dopo, poiché numerosi scienziati risultano scomparsi, Layton e Luke ricevono una lettera che sembra provenire da Luke dieci anni nel futuro, e li conduce in una pittoresca orologeria nascosta tra i vicoli di Londra. All'interno, una coppia anziana mostra loro un'altra macchina del tempo, presentata come un gigantesco orologio, e si ritrovano in una Londra drasticamente mutata, quasi-steampunk, dieci anni nel futuro rispetto al loro presente, dove incontrano Layton del futuro. Egli spiega che in questo futuro Layton è diventato il capo di una gang mafiosa chiamata la Family e ha preso il controllo di Londra, deciso ad aiutarlo. Dopo essere tornati brevemente al passato per consultare alcuni fascicoli riguardanti un incidente che costò la vita alla sua fidanzata, Claire, dieci anni prima, Layton e Luke tornano nella Londra del futuro, portando involontariamente Flora, l'Ispettore Chelmey e il suo assistente Barton con loro. Mentre il gruppo indaga sull'ubicazione del Layton del futuro, a Luke viene ricordato che presto si trasferirà con i suoi genitori.