La modalità storia del gioco è divisa in tre percorsi che seguono l'avventura di Amitie, una ragazza vivace che frequenta una scuola di magia, dove le viene insegnato da Accord come lanciare incantesimi magici usando Puyo. Nella storia principale del gioco, Accord ha perso la Flying Cane, l'equivalente di una bacchetta magica, e afferma di avere una ricompensa per lo studente in grado di trovarla. Il giocatore interpreta Amitie mentre si avventura attraverso il mondo di Puyo Puyo Fever per trovare la Flying Cane, incontrando lungo la strada molti personaggi strampalati e affrontandoli. In una versione più difficile della modalità storia, si interpreta l'avversaria di Amitie, Raffina. La modalità storia scelta determina quali personaggi si incontreranno e chi, alla fine, troverà la Flying Cane. Quando si gioca nei panni di Raffina, verso la fine del gioco, si scopre che Accord in realtà non ha mai perso la Flying Cane. Lei allora progetta di rivelare il segreto di Accord e di Popoi, ma fallisce nel suo finale, poiché viene messa fuori combattimento da Accord, perdendo tutti i ricordi dell'incidente legato alla Flying Cane. Recupera coscienza vicino alla sua scuola dove Amitie e i suoi amici la congratulano.