Il gioco ha la stessa storia dell'originale, l'unica differenza è l'aggiunta di due eventi legati alla serie Mega Man Star Force: Nel prologo, Harp Note viene rapita da ClockMan.EXE (un NetNavi in grado di viaggiare nel tempo creando buchi di warp), che fugge all'era di Mega Man Battle Network, 200 anni nel passato. Il Dr. Goodall prepara un buco di warp per permettere allo Star Force Mega Man di seguirli, e gli avverte che potrà tornare al suo tempo solo se troverà ClockMan. Dopo la battaglia contro ElecMan.EXE, ClockMan cattura Roll.EXE, e MegaMan.EXE la cerca su Internet dopo aver saputo che una strana Navi blu era nei dintorni in quel periodo. Quando vede lo Star Force Mega Man, MegaMan.EXE crede che sia lui a aver catturato Roll e combatte contro di lui, ma in seguito si rendono conto che è innocente e i due uniscono le forze per combattere ClockMan. Dopo aver sconfitto ClockMan, Mega Man (SF) e Harp Note tornano al loro tempo, e Mega Man (SF) dà a MegaMan.EXE un programma che permette al giocatore di usarlo e di usare il suo Battle Chip. Durante i titoli di coda è stata aggiunta una scena supplementare che mostra lo Star Force Mega Man e Harp Note che ritornano con successo nella loro linea temporale, dove sono accolti dai loro amici, anche se Luna non era molto contenta di vederli insieme.