Il gioco si concentra inizialmente sugli eventi legati al rapimento di Knuckles e alla scomparsa delle Chaos Emeralds dopo la sconfitta del Dottor Eggman, prima di passare a seguire il cast di personaggi attraverso due dimensioni mentre incontrano un nuovo alleato, Shade the Echidna, e cercano di fermare l'invasione del loro mondo da parte di Ix, il leader della tribù di Shade, i Nocturnus.