Dr. Eggman apre un parco divertimenti nello spazio chiamato Dr. Eggman's Incredible Interstellar Amusement Park, apparentemente voltando pagina e cercando di rimediare alle sue trasgressioni passate. Il parco è costituito da diverse attrazioni delle dimensioni di pianeti. Sospettosi, Sonic the Hedgehog e il suo migliore amico Tails investigano. Incontrano Yacker, che proviene da una specie di alieni noti come Wisps. Dopo che Tails inventa un traduttore per comunicare con lui, scoprono che altri Wisps sono stati schiavizzati da Eggman, che ha in progetto di attingere la loro energia per un laser di controllo mentale che gli permetterà di conquistare la Terra. Sonic prosegue visitando i pianeti, liberando i Wisps e spegnendo i generatori collegati al parco. Incontra molti dei suoi amici lungo la strada, che stanno anche loro esplorando il parco nel tentativo di ostacolare i piani di Eggman. Dopo che Sonic libera i Wisps, Eggman prova a sparare il cannone verso il mondo, ma un pezzo di relitto provoca il suo malfunzionamento. Mentre il parco divertimenti inizia a esplodere, Sonic affronta Eggman. Eggman usa i Nega-Wisps per alimentare la sua macchina finale, un robot che usa i poteri di tutti i Wisps che Sonic ha incontrato contro di lui. Man mano che la macchina si indebolisce, i Wisps scappano e aiutano Sonic a sconfiggere Eggman, spedendolo nello spazio. I Wisps trascinano Sonic fuori dal parco divertimenti in esplosione. Ritornando sani e salvi sulla Terra, Yacker ringrazia Sonic e Tails. Tuttavia, Sonic e Tails scoprono presto che la Mother Wisp principale era stata infettata dall'energia negativa e trasformata nella Nega-Mother Wisp. Usando il potere dei Chaos Emeralds, Sonic si trasforma in Super Sonic e la combatte. Dopo la sua sconfitta, la Mother Wisp torna normale e i Wisps si separano dai due eroi. In una scena dopo i titoli di coda, Eggman è visto bloccato nello spazio con i suoi scagnozzi Orbot e Cubot.