Il gioco inizia con SpongeBob e i suoi amici che fuggono dall'Atlantide. Intanto, Plankton imperversa intorno ad Atlantide con un carro armato che ha "prestato" finché non si imbatte nella banda. SpongeBob e Patrick iniziano a ricordare come sono finiti in questa situazione. Iniziano a rivivere un flashback che inizia con loro che soffiano bolle finché non vengono intrappolati in una grande bolla che li conduce in una grotta. I due si fanno strada attraverso la grotta, evitando pirati fantasma mentre cercano scale per avventurarsi più a fondo nelle cavità, dove trovano la metà mancante dell'Amuleto Atlanteo (Patrick pensa che sia legata agli antenati di SpongeBob a causa della parola "antis" su di esso). Lo portano al Museo Bikini Bottom per capire cos'è, scattando foto alle esposizioni e abbattendo turisti e guardie che bloccano la strada. Squidward è scioccato nel vedere che hanno trovato l'altra metà dell'amuleto. Sandy e Mr. Krabs si accompagnano mentre si aggirano nel museo. Squidward unisce le due metà e il percorso per Atlantide viene rivelato: il percorso è un autobus volante. L'autobus è alimentato dal canto, e la banda inizia a cantare per arrivare ad Atlantide. L'autobus atterra a terra lungo il percorso a causa di un errore di Patrick, costringendo la banda a guidare l'autobus attraverso Atlantide per trovare i pezzi dell'autobus e i kit di attrezzi necessari per ripararlo. Dopo aver riparato l'autobus e giungendo ad Atlantide, il gruppo è accolto da Sua Altezza Reale (o LRH). LRH li porta in un tour intorno al palazzo Atlanteo, durante il quale devono evitare trappole poste intorno ad Atlantide per qualche motivo. Mr. Krabs inizia a raccogliere alcuni tesori da portare con sé con l'aiuto di Sandy e della sua pistola per catturare bolle. Squidward posa per gli artisti nello studio d'arte. A loro insaputa, Plankton si nasconde nel compartimento dell'autobus di Atlantide lungo il percorso. Pianifica di usare le armi Atlanteane, tra le più avanzate di tutti i tempi, per distruggere SpongeBob e i suoi amici e prendere il controllo del mondo. Dopo essere uscito dall'autobus, si aggira per Atlantide e si dirige verso la stanza delle armi. Mentre scattano foto delle attrazioni (distruggendo anche turisti e guardie Atlanteane che bloccano la strada), Patrick distrugge per sbaglio la bolla più vecchia ancora in vita e racconta la verità a LRH, che gli mostra la vera bolla. Squidward ricorda loro che la bolla distrutta da Patrick era una scenografia per i turisti. Patrick, ancora una volta per sbaglio, la fa scoppiare per davvero, irritando LRH. Il gruppo si dà alla fuga, dovendo sfuggire alle forze Atlanteane mentre cercano graffette per sbloccare le porte. Più tardi, Sandy usa Squidward come una pistola per abbattere i soldati. Plankton imperversa per la città nel suo carro armato proprio come all'inizio e affronta la banda, ponendo fine al flashback. Spara la sua arma, ma è scioccato nel vedere che spara gelato. LRH cattura Plankton, credendo che sia un puntino parlante, e lo espone come sostituto della bolla recentemente distrutta e come sostituto del tesoro nazionale di Atlantide. Poi ordina a uno dei suoi soldati di sbarazzarsi dell'amuleto affinché i guastafeste non possano tornare. Il soldato attraversa Atlantide fino al cassonetto della spazzatura e vi getta dentro l'amuleto. La banda torna a casa a Bikini Bottom a bordo dell'autobus.