La trama del gioco sembra ambientarsi poco dopo la conclusione di TMNT: Back to the Sewer, anche se ci sono alcune lievi incongruenze che impediscono che sia canonica rispetto alla serie. Cyber Shredder è tornato, questa volta nel lontano futuro. Ha inviato una Golden Cyber Foot nel passato per testare un dispositivo di viaggio nel tempo. Le Tartarughe Ninja partono quindi per un'avventura per impedire a Cyber Shredder di raggiungere il presente. Durante il percorso, sconfiggono molti Purple Dragons, Foot Ninja e alcuni noti nemici dei TMNT. Tutte le cut-scene dei giochi sono state scritte da Sam Regal, che presta anche la voce a Donatello.