Link, apprendista ingegnere, è pronto a viaggiare verso il Castello di Hyrule e a ottenere la sua licenza di ingegnere. Durante la cerimonia, Zelda gli passa una nota che lo avverte di non fidarsi del Cancelliere e di aiutarla a raggiungere la Spirit Tower. Le Spirit Tracks del territorio, binari mistici che attraversano la terra, stanno scomparendo e lei sospetta che il Cancelliere ne sia la causa. Mentre si dirigono verso la Spirit Tower, il Cancelliere li intercetta e dà ragione ai sospetti di Zelda: lancia un incantesimo su di lei, separando il suo corpo dalla sua anima. Link e Zelda devono lavorare insieme per riportare Zelda alla normalità e salvare Hyrule ancora una volta.