Il primo ricordo di Yuki Cross è quello di essere stata attaccata da un vampiro e salvata da Kaname Kuran, anch'egli vampiro. Dieci anni dopo, Yuki e un cacciatore di vampiri, Zero Kiryu, frequentano la Cross Academy come guardiani della scuola, proteggendo la 'Day Class' e la 'Night Class' l'uno dall'altro per tenere segreti i vampiri. La storia segue la scoperta di Yuki che il suo amico d'infanzia, Zero, ha trascorso gli ultimi quattro anni a cercare di combattere la sua trasformazione in vampiro, ed è finalmente caduto. Yuki lotta per aiutare Zero a combattere la sua sete di sangue e per recuperare i propri ricordi perduti, mentre sospetta che Kaname sappia più di quanto stia dicendo.