Il giocatore è su una nave, in viaggio verso Duel Academy, insieme ai suoi amici Jaden Yuki e Syrus Truesdale. Il giocatore viene assegnato al dormitorio Slifer Red, e poco dopo iniziano a verificarsi cose strane. Non appena questi strani avvenimenti iniziano, si sente la voce di uno spirito del duello. Questo spirito è uno spirito buono e ti aiuterà a duellare e a risolvere i misteri che circondano la Duel Academy. La storia segue liberamente gli eventi dell'anime, solo che il giocatore prende il posto dei duelli di Jaden. Come Dimitri che ruba il mazzo di Yugi, e il giocatore lo recupera. Il gioco copre principalmente l'anime, dall'inizio fino all'arco Dark Zane. Poiché il gioco è basato sull'anime, appariranno alcuni personaggi principali e secondari. Include anche molti personaggi esclusivi di Spirit Caller; compaiono come personaggi secondari. Più avanti duellerai contro tutti i 7 Shadow Riders e altre parti della Stagione Uno; poi entrerai in un torneo.