Dopo la sua schiacciante sconfitta per mano dei Battletoads sul Ragnarok's World, la Dark Queen umiliata si è data alla fuga verso i confini remoti dell'universo. Sono passati mesi... e la minaccia di vendetta della Dark Queen è diventata un ricordo lontano per il Professor T. Bird e i Battletoads - Zitz, Rash e Pimple. Tuttavia, quando un misterioso raggio di energia proveniente dallo spazio esterno rende impotente la potenza militare della Terra, e una nave spaziale delle dimensioni di una città chiamata Colossus sbuca dalla luna, il Professor sa che deve trattarsi della Dark Queen nel tentativo di attuare il suo ultimo piano di dominazione della galassia. Ha ragione, ovviamente, ma ciò che non si rende conto è che la losca signora non lascia nulla al caso questa volta ed è astutamente alleata con il Shadow Boss, altrettanto losco! Questo significa che i Battletoads non dovranno combattere solo la Dark Queen e i suoi scudieri, General Slaughter, Big Blag e Robo Manus, ma anche Abobo e Roper, gli scagnozzi del Shadow Boss, oltre a loro! Così stanno le cose, toads: la Dark Queen ha una seria schiera di rinforzi e ora sta venendo per conquistare la tua Terra — cosa ne farai? Innanzitutto metterai in parità le forze! Quei terribili gemelli, Billy e Jimmy Lee, noti anche come Double Dragon, sono ansiosi di entrare in azione, soprattutto poiché Shadow Boss è il loro acerrimo nemico!