Ambientato in una galassia, creativamente chiamata Bomber Nebula, l'original Bomberman non presentava una storia ufficiale, ma si concentrava unicamente sull'aspetto puzzle del gioco. Quando Bomberman fu ripubblicato per Nintendo Entertainment System, una storia fu incorporata nel gameplay. Nella versione NES di Bomberman, il protagonista si stanca di fabbricare bombe in una fabbrica sotterranea nell'Empire Bungeling. Bomberman scopre che se un robot è in grado di raggiungere la superficie, può diventare umano. Il protagonista decide di fuggire, e viene trasformato in un essere umano organico noto come il "Runner".