Il Giappone è devastato da mostri giganti bizzarri e potenti. Una creatura rettiloide chiamata Baragon sta causando terremoti in una raffineria di petrolio. Un pterosauro ad alta velocità chiamato Rodan sta lasciando boati sonici al suo passaggio. Una massa viscida orrenda chiamata Hedorah si nutre dei rifiuti tossici della città e cresce sempre più ogni secondo. Una gigantesca bruco chiamata Mothra depone uova in diverse parti della città. Un gigantesco polpo sta distruggendo le navi da pesca nel porto e divorando i loro equipaggi. Una terribile idra a tre teste chiamata King Ghidorah sta portando fuoco nei cieli e Godzilla sta sfondando tutto ciò che lo circonda. Per peggiorare le cose, una flotta di dischi volanti alieni ha iniziato un'invasione. Solo la J.S.D.F. può fermarli.