Il gioco è ambientato in Angel Land, un mondo fantasy a tema mitologia greca. La storia pregressa di Kid Icarus è descritta nel libretto delle istruzioni: prima degli eventi del gioco, la Terra era governata da Palutena, Dea della Luce, e Medusa, Dea delle Tenebre. Palutena donò alla gente la luce per renderla felice. Medusa odiava gli umani, seccò i loro raccolti e li trasformò in pietra. Arrabbiata per questo, Palutena trasformò Medusa in un mostro e la bandì nell'Oltretomba. Per vendetta, Medusa complottò con i mostri dello Sottosuolo per prendere il controllo della residenza di Palutena, il Palazzo nel Cielo. Scagliò un attacco a sorpresa e rubò i tre tesori sacri — lo Scudo Specchio, le Frecce della Luce e le Ali di Pegaso — che privarono l'esercito di Palutena del suo potere. Dopo che i suoi soldati furono trasformati in pietra da Medusa, Palutena fu sconfitta in battaglia e imprigionata nel profondo del Palazzo nel Cielo. Con il suo ultimo potere, inviò un arco e una freccia al giovane angelo Pit. Lui scappa dalla sua prigione nell'Oltretomba e parte per salvare Palutena e Angel Land. Nel corso della storia, Pit recupera i tre tesori sacri dai guardiani delle fortezze situate rispettivamente nel Sottosuolo, nel Mondo Esterno e nel Mondo del Cielo. Successivamente, si arma di tali tesori e assalta il tempio celeste, dove sconfigge Medusa e salva Palutena. Il gioco offre cinque finali differenti; a seconda delle prestazioni del giocatore, Palutena può offrire a Pit un copricapo o trasformarlo in un angelo adulto.