Shredder rapisce April e ottiene la Life Transformer Gun, un'arma in grado di riportare Splinter alla sua forma umana. Per salvare April, le tartarughe (Leo, Mikey, Donny e Raph) si avventurano per le strade di New York per affrontare la Foot Clan. Mentre attraversano le fogne, le tartarughe incontrano Bebop, un maiale mutato, e Rocksteady, un rinoceronte mutante. Anche se le tartarughe sconfiggono Bebop, Rocksteady scappa con April O’Neil. Le tartarughe quindi inseguono Rocksteady in un magazzino abbandonato, lo affrontano e salvano April. Dopo aver disattivato le bombe nella diga del Hudson River, Shredder cattura Splinter, quindi le tartarughe danno la caccia a bordo della Party Wagon. Inseguendo a tutta velocità, le tartarughe setacciano la città e alla fine scoprono che Splinter è tenuto prigioniero dal Mecaturtle robotico sul tetto di un grattacielo. Dopo che le tartarughe hanno salvato Splinter, Shredder scappa in un elicottero. Le tartarughe danno la caccia, rintracciandolo all'aeroporto JFK, dove incontrano Big Mouser. Dopo aver sconfitto Big Mouser, le tartarughe si dirigono verso la base segreta della Foot Clan nel South Bronx a bordo della Turtle Blimp. Una volta lì, localizzano e combattono il Technodrome sotterraneo. Le tartarughe scendono nel reattore del Technodrome e alla fine sconfiggono Shredder. Con la Life Transformer Gun, le tartarughe aiutano Splinter a tornare nella sua forma umana. Con una missione difficile compiuta, le tartarughe e April festeggiano con una pizza.