Un alieno malvagio di nome Hood vuole che i Thunderbirds consegnino tutti i loro veicoli a lui entro un periodo di 60 giorni, altrimenti Hood bombarderebbe la Terra con meteoriti. I Thunderbirds capiscono che ha bisogno dei 60 giorni per prepararsi a realizzare la sua minaccia, quindi decidono di andare in cerca di luoghi che potrebbero contenere le sue fonti di energia per il suo potere. Il gioco si svolge sull'America del Nord, sull'Oceano Indiano e in Asia, mentre sorvolate ciascuna area svolgendo missioni diverse. In qualità di Thunderbird, volerete cinque differenti velivoli futuristici, tra cui un Mach 20 Thunderbird 1 Rocket, il Neptune Hydro-Turbojet e l'aereo Atomico Fire Flash. Ogni veicolo può subire al massimo 3 colpi prima di essere messo a terra. Se il tuo veicolo è a terra, ci vorranno 3 giorni per ripararlo. Questi 3 giorni verranno sottratti dal totale di 60 giorni a tua disposizione per completare l'intero gioco. I tuoi nemici consistono in creature esotiche quali scorpioni spaziali velenosi, vermi marini mutanti e persino avversari ambientali come vulcani che sputano fuoco. Abbattendo determinati nemici, il tuo velivolo può ottenere potenziamenti quali il ripristino della salute esaurita, un aumento della potenza di fuoco o l'aggiunta di navi orbitali da far volare al fianco della tua nave principale per assisterti nel combattimento.