Alcuni anni dopo gli eventi di The Legend of Zelda, Link ha appena compiuto sedici anni e scopre una strana macchia di nascita sulla mano. Con l'aiuto di Impa, la nutrice di Zelda, Link apprende che questa macchia è la chiave per aprire una stanza segreta dove la Principessa Zelda giace addormentata. Quando era giovane, la Principessa Zelda ricevette la conoscenza della Triforce del potere, che veniva usata per governare il regno di Hyrule, ma quando un mago, nel tentativo infruttuoso di scoprire qualcosa sulla Triforce da Zelda, la mise in un sonno eterno. Nel suo dolore, il principe collocò Zelda in questa stanza, sperando che un giorno si svegliasse. Ordinò che tutte le figlie femmine della casa reale venissero chiamate Zelda da quel momento in poi, affinché la tragedia non fosse dimenticata. Ora, per riportare indietro la Principessa Zelda, Link deve localizzare tutti i pezzi della Triforce che sono stati nascosti per tutto il regno.