Baten Kaitos Origins si svolge 20 anni prima del primo gioco di Baten Kaitos. Spiega come l'infame Imperatore Geldoblame sia salito al potere, e riempie anche molti dettagli sui protagonisti del primo titolo. Inoltre, i giocatori scopriranno le origini del mondo stesso e perché Lost Ocean sta tornando. L'eroe, un giovane dai capelli azzurri di nome Sagi, fu inviato a assassinare l'Imperatore ma scoprì che il compito era stato portato a termine per lui. Incolpato per la morte, è ora in fuga con due amici: un robot chiamato Guillo e una giovane donna di nome Milly. Nelle fasi iniziali, il gruppo del giocatore progredirà in modo lineare, muovendosi da un'area all'altra lungo un percorso prestabilito. Dopo aver giocato per alcune ore, i giocatori otterranno una nave che permette di visitare le aree nell'ordine a loro scelta, consentendo di perseguire missioni secondarie facoltative o di affrontare la missione principale come preferiscono. A differenza dei tradizionali RPG, in cui i personaggi aumentano di livello in categorie come forza e agilità, la maggior parte dell'aumento di livello avviene procurandosi carte Magnus migliori. Ci sono più di 600 diverse carte Magnus in Baten Kaitos Origins, alcune delle quali hanno proprietà davvero fantastiche. I giocatori possono ottenere carte in molti modi diversi, tra cui scambio, acquisto, vincere come bottino di guerra o crearle essi stessi.