La Harvest Goddess si è pietrificata per la malinconia causata dall'indifferenza degli abitanti. Un contadino di nome Jamie (il cui genere dipende dal protagonista) è determinato a salvarla. Un anno dopo, arriva a Flowerbud Village un nuovo agricoltore (di genere maschile, di default si chiama Adam; di genere femminile, di default si chiama Amanda), e Theodore, il sindaco della città, aiuta a mettere in piedi la loro fattoria. Il protagonista incontra anche i Harvest Sprites, che chiedono il suo aiuto per riattivare la Harvest Goddess raccogliendo note musicali magiche. Jamie diventa rivale del protagonista. Mentre il protagonista lavora nella fattoria, incontra anche diverse persone, alcune delle quali sono personaggi ricorrenti provenienti da Back to Nature, Save the Homeland e A Wonderful Life, e si sforza di farsi amici e aiutarli. Alla fine, la Harvest Goddess viene riportata in vita e Jamie se ne va in vergogna. Il protagonista sposa poi uno dei celibi o delle nubili e ha un figlio (se scelgono di sposare Jamie, entrambi lasceranno la città, ponendo fine al gioco). Una volta che tutte le note sono state trovate, Jamie è devastato, ma la Harvest Goddess incoraggia Jamie a essere più altruista, ponendo fine alla sua rivalità con il protagonista.