La missione di prologo del gioco inizia a Parigi, Francia, con James Bond che aiuta l'agente dell'intelligence francese Dominique Paradis a sfuggire a una caccia di una banda mentre insegue un camion contenente un'arma nucleare rubata, prima di proseguire in auto. Dopo aver impedito al camion di far esplodere la Torre Eiffel, Dominique e James celebrano la notte di Capodanno.
Il governo britannico invia Bond undercover a una festa nel castello austriaco dell'industriale Raphael Drake. M ritiene che la festa sia una copertura per lo scambio di un chip di guida missilistica tra Raphael Drake e Alexander Mayhew, che gestisce la filiale giapponese dell'industria di Drake, Phoenix International, e aveva rubato il chip dagli Stati Uniti. Phoenix è ritenuta una copertura per il contrabbando di armi. M dà a Bond l'istruzione per incontrarsi con l'agente della CIA Zoe Nightshade e Dominique, che si finge amante di Drake. Mentre Zoe distrae le guardie, Bond si avvicina allo scambio e ruba il chip. Gli agenti Nightshade e 007 tentano una fuga sulla funivia, quando la guardia del corpo di Drake, Rook, attacca la funivia con un elicottero lanciarazzi. Bond abbatte l'elicottero attaccante usando i razzi trovati sulla funivia. James e Zoe sfuggono quindi alle forze di Drake su una motoslitta corazzata prima di proseguire con l'auto di James. Si incontrano con Q, che li conduce fuori dall'Austria.
Dopo l'intrusione, Drake minaccia di uccidere Mayhew qualora l'operazione fallisca. Mayhew contatta MI6, affermando che fornirà informazioni vitali se Bond verrà in suo soccorso. Nella sua tenuta giapponese, Mayhew viene attaccato dagli uomini di Drake, composti da teppisti giapponesi. Bond si fa strada attraverso la tenuta e riesce a ottenere un file dalla cassaforte di Mayhew. Mentre si stanno preparando a fuggire dalla tenuta, Mayhew viene ucciso da un ninja. Il file conduce Bond all'ufficio di Mayhew nel Phoenix Building a Tokyo.
Bond riesce a infiltrarsi nell'edificio mentre le guardie cambiano turno e mette al sicuro i documenti ufficiali NightFire. Viene poi attaccato dagli uomini di Drake prima che Dominique fornisca una distrazione, che permette a Bond di fuggire tramite paracadute dal tetto dell'edificio.
I documenti NightFire conducono Bond verso una centrale nucleare in fase di smantellamento gestita da Phoenix International. Bond recupera prove delle attività di Drake e scappa. Tuttavia, viene poi tradito e catturato da Kiko, l'ex guardia del corpo di Mayhew, e consegnato a Drake. In cima al Phoenix Building, Drake progetta di uccidere Bond e Dominique, che è stata scoperta come talpa. Dominique viene spinta giù dal tetto e uccisa da Kiko. Bond scappa a terra prima di essere salvato dall'agente dell'intelligence australiana Alura McCall.
M invia Bond e Alura sull'isola privata di Drake, dove Drake ha allestito un segnale di disturbo. I due si infiltrano sull'isola ed eliminano le difese di Drake. M informa Bond che le forze delle Nazioni Unite (ONU), dell'Unione Europea (UE) e della NATO stanno arrivando sull'isola per smantellare i restanti combattenti nemici. Bond si dirige verso il silo sotterraneo di Drake, fronteggiando Kiko prima di entrare in uno dei tre shuttle spaziali destinati a catturare la Space Defense Platform. Kiko si incenerisce nel cratere d'esplosione quando decolla lo space shuttle di Bond. Bond raggiunge la U.S. Space Defense Platform, dove si trova Drake. Riesce a deviare tutti e otto i missili dalla rotta, salvando milioni di vite, e fa sì che l'arma laser di Drake si guasti, provocando una gigantesca esplosione. Infine, Bond uccide Drake. Mentre la stazione è avvolta dalle fiamme, Bond esce da una capsula di salvataggio e torna sulla Terra, dove M gli informa che astronomi di tutto il mondo stanno riferendo di "piogge meteoriche inaspettate" (che in realtà sono i detriti della Space Defense Platform ora distrutta).