Prologo Nell'anno 22XX d.C., un misterioso minerale noto come Force Metal fu estratto dai frammenti di un meteorite che era caduto nell'Oceano Pacifico. La tecnologia basata su quel metallo rivoluzionò il campo dell'ingegneria Reploid. La Federation costruì Giga City, un'isola artificiale, vicino al sito meteorico per lo scopo esplicito di estrarre e fondere Force Metal. Tutto sembrava andare per il meglio, finché una banda di Reploids rinnegati si armarono e lanciarono una ribellione sull'isola. Bandirono tutti gli umani e chiesero che il governo riconoscesse Giga City come uno stato Reploid indipendente. Questa nuova Rebellion Army e il suo leader, Epsilon, furono tutti etichettati Mavericks per questo gesto. Dopo che il primo team di Maverick Hunters fu annientato o in altro modo messo a tacere dalla Rebellion Army, il Colonnello Redips inviò una squadra speciale composta da X, Zero e Shadow. Se avessero fallito la loro missione — arrestare Epsilon e sedare l'insurrezione Reploid — la Federation non avrebbe altra scelta che dichiarare una guerra totale contro Giga City e la Rebellion Army. Capitolo 1: Infiltrare Giga City! X, Zero e Shadow si teletrasportano ai margini di Giga City per indagare su una lettura energetica nelle Rovine di Lagrano. Il trio viene separato da una misteriosa esplosione, ma procede verso la sommità della struttura. X e Zero si riuniscono vicino alla sommità quando vengono improvvisamente attaccati da Hippopressor, che li distrugge. Una volta giunti sul tetto, X e Zero trovano Shadow di fronte a Epsilon. Iniziano ad arrestare Epsilon, ma Shadow si rivela contro di loro, rivelando la sua vera alleanza con Rebellion Army. I membri dell'Armata Ribelle - Scarface, Botos e Ferham - si rivelano anche loro, e i Hunters si rendono conto di essere stati condotti in un'imboscata. Zero tenta di colpire Epsilon, ma viene sopraffatto e scagliato via dagli attacchi dei membri dell'Armata Ribelle. Ora da solo, X si ritrova senza altra scelta che fuggire, balzando giù dal tetto e nel baratro sottostante. Ferham inizia a dare la caccia, ma Epsilon la ferma, ben conscio che X tornerà.