The Twin Snakes presenta miglioramenti grafici rispetto all'originale, nuove cutscenes scritte e dirette da Ryuhei Kitamura, e meccaniche di gioco originariamente introdotte in Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty. Il gioco include anche una traduzione revisionata con doppiaggio ri-registrato utilizzando l'intero cast originale inglese. Hideo Kojima e Shigeru Miyamoto hanno supervisionato lo sviluppo del gioco. Era anche pensato per permettere al giocatore di giocare Metal Gear Solid nel modo in cui doveva essere giocato.