Un ibrido 3D orientato all'esplorazione tra metroidvania e sparatutto in prima persona, e sequel di Metroid Prime (2002), in cui Samus atterra su Aether, un pianeta intricato diviso in versioni della luce e delle tenebre di sé stesso, per aiutare i suoi superstiti abitanti a difendersi dagli invasori provenienti dalla sua incarnazione oscura, attraversando sia il mondo della luce che quello delle tenebre, acquisendo nuovi power-up e affrontando ambienti opprimenti.